电子科学研究院结合业务定位和发展需要，目前组织机构按照职能分为管理部门、市场部门和研究部门。其中管理部门包括院办公室、党委办公室、综合运营处、科技发展处、人力资源处等15个部门，履行各项管理职能；市场部门包括军工发展中心、产业发展中心、国际业务处和能力建设处等4个部门，主要承担业务拓展和市场开拓职责；研究部门包含6个研究所、1个国家工程实验室和2个中心，是最主要的科研力量。

　　电子科学研究院还拥有北京联海科技有限公司、北京联海信息系统有限公司、涞水慧智科技有限公司、新疆联海创智信息科技有限公司、宁夏联海创晟科技有限公司和中电科海洋信息技术研究院有限公司等6家院属企业。

　　另外，中国电科发展战略研究中心、中国电科信息中心、中国电科大学作为中国电科的二级单位，挂靠电子科学研究院管理。